Незважаючи на те, що в Україні вживається ряд водоохоронних заходів, в басейнах малих і середніх річок відкриті водойми продовжують забруднюватись. Враховуючи тісні взаємозв’язки біотичних і абіотичних факторів, всі роботи з використання та регулювання як річкового стоку, так і поверхневого стоку рекомендується розглядати тільки в комплексі із заходами, що здійснюються на водозборі. Це сприятиме регулюванню руслових процесів, які забезпечують не лише повноцінне існування всього комплексу річки, а й раціональне використання її біологічних та водних ресурсів.
Методи управління поверхневим стоком в річкових басейнах взагалі і на сільськогосподарських територіях, зокрема, можна класифікувати за головними ознаками на організаційні та інженерні, які, у свою чергу, поділяються на законодавчі, організаційно-правові, гідромеліоративні, лісотехнічні та агротехнічні.
До організаційних методів, в першу чергу, можна віднести законодавчі – врахування у природоохоронному законодавстві особливостей використання земель і водних ресурсів в басейнах малих, середніх і великих річок, озер, ставків і водосховищ.