Экологическая оценка в прибрежной зоне базируется на данных по состоянию морских организмов, населяющих донные осадки (организмы бентоса). Это связано с тем, что все виды загрязнений, попадающие в море, со временем опускаются на дно и фиксируются в донных осадках. Накопившиеся загрязнения в донных осадках приводят к стойкому нарушению в качественном и количественном составе донных сообществ и тем самым характеризуют экологическое состояние акватории в целом.
Изучение макрозообентоса является важной составной частью комплексного мониторинга донных осадков в районе г. Севастополя, включающего также исследование физико-химических характеристик грунтов, бактерио- и мейобентоса. Исследования донных сообществ в прибрежной зоне Севастополя проводили в 1985-2003 гг по стандартной сетке станций. Все исследованные бухты (кроме б.Южная) имеют самостоятельную связь с открытым морем и в различной степени подвержены нефтяному загрязнению и другим видам антропогенной нагрузки.